สถานการณ์น้ำท่วมหาดใหญ่กลายเป็นบทสอบสำคัญของรัฐบาลอนุทิน ทั้งด้านภาวะผู้นำ ระบบบัญชาการหลายศูนย์ และแรงสั่นสะเทือนทางการเมืองที่กระทบเสถียรภาพรัฐบาล